(一）微生物肥料的剂型
       从成品性状看，我国微生物肥料的制成品剂型主要分为液体、固体、冻干剂3种。
　　液体有的是由发酵液直接装瓶,也有使用矿油封面的。固体剂型主要以草炭为载体,分粉剂、颗粒两种剂型，近年来也有用蛭石为吸附剂的。用发酵液浓缩后冷冻干燥的制品为冻干剂。从内含物看,有单菌株制剂、多菌株制剂，也有微生物加增效物（如化肥、微量元素和**物等）。
(二)微生物肥料的分类
      微生物肥料的种类很多，分类方法也多种多样。目前农业上应用的微生物肥料主要有根瘤菌肥料、固氮菌肥料、解磷微生物肥料、硅酸盐细菌肥料、抗生菌肥料、VA菌根真菌肥料和复合（复配)型微生物肥料等。微生物肥料由豆科接种剂向非豆科肥料、复合生物肥发展；单一菌剂向复合菌剂发展;单功能向复合功能发展。
　　1.按制品中微生物的种类多寡划分   可分为单纯的微生物肥料和复合微生物肥料。
　　2.按微生物肥料的功能划分
　 （1）微生物拌种剂     利用多孔的物质作为吸附剂（如草炭、蛭石），吸附发酵液而制成菌剂。代表品种为各类根瘤菌肥料，主要应用于豆科植物，使其能在豆科植物根、茎上形成根瘤，并同化空气中的氮素来供应植物氮素营养。也可同时使用2种或2种以上互不拮抗、互相有利的微生物（固氮菌、解磷菌或其他一些细菌），通过其生命活动使作物增产。
　 （2）复合微生物肥料    根据所含营养物质的不同可分为:微生物和**物复合肥料;微生物和**物质及无机元素复合肥料。
　　　　根据作用机制的不同可分为：以营养为主的肥料；以抗病为主的肥料；以降解农药为主的肥料；多种作用同时兼有的肥料。
　　　　每种肥料各有特色,作用不完全一致，但目的都是为了提高作物的产量，减少化肥用量，降低成本，改良土壤和改善作物品质，保护生态环境。
　　3.按其制品中特定的微生物种类划分     可分为细菌肥料(根瘤菌肥，固氮、解磷、解钾肥）、放线菌肥料(抗生菌肥料）、真菌类肥料（菌根真菌、霉菌肥料、酵母肥料）、光合细菌肥料。
　　4.按作用机械划分    可分为根瘤菌肥料、固氮菌肥料（自生或联合共生类）、解磷菌类肥料、硅酸盐类肥料、光合细菌制剂、分解作物秸秆制剂、植物生长调节剂。